O Conselho Departamental é órgão de assessoria executiva da administração da Faculdade de Medicina. É ele quem define as normas operacionais para questões já aprovadas pela Congregação.
O Conselho Departamental é integrado pelo Diretor e Vice-Diretor; pelos Chefes de Departamentos e coordenadores dos Centros de Pós-Graduação, Pesquisa, Extensão, Informática Médica e Memória. Também participam o chefe da Biblioteca e os diretores dos órgãos Complementares, Hospital das Clínicas, Colegiados de Graduação e representantes do corpo técnico e administrativo, corpo discente e o Gerente Administrativo.
