O CES, órgão ligado à diretoria, foi criado em 2009 e inaugurado oficialmente, em 18 de abril de 2012. Sediado na Biblioteca Oswaldo Costa (sala 021), no andar térreo da unidade, tem por objetivo ser um espaço formal na Faculdade de Medicina para reflexão, discussão e aprimoramento das questões relativas à formação de profissionais de saúde.
Quanto à sua estrutura, O CES é coordenado pelo vice-diretor da Faculdade de Medicina e a subcoordenação é ocupada pelo coordenador do colegiado do curso de Medicina. Constituído por Núcleos, os quais, além dos objetivos, são responsáveis pela organização das disciplinas interdepartamentais (de código MED).
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